Después de cuatro años como juez de primera instancia penal, Mynor Moto llega a la Corte de Constitucionalidad en medio de diversos señalamientos y una solicitud de captura en su contra.
En 2016, el entonces juez tercero de primera Instancia penal Oscar Sagastume, presentó su renuncia al cargo para así asumir la inspectoría general del Tribunal Supremo Electoral, dicha vacante, fue llenada por Mynor Mauricio Moto Morataya, designado por la Corte Suprema de Justicia.
Moto quien con anterioridad había fungido como juez de paz suplente desde el año 2009, finalmente en 2016 fue designado como juez titular del juzgado tercero de primera instancia penal, donde ha conocido diversos casos.
Como titular de dicha judicatura, conoció el proceso del caso Rosenberg donde resolvió dictar el sobreseimiento a favor de los hermanos Valdez Paiz, al no encontrar indicios que los ligaran a la muerte de Rodrigo Rosenberg.
Así también conoció el caso Bufete de la impunidad, en donde también dicto el sobreseimiento a favor de los implicados. Por este caso, aún esta pendiente por resolverse un amparo que busca que se reactive el proceso de antejuicio contra el juzgador solicitado en el año 2017.
Otro de los casos conocido por Moto fue el de supuesto financiamiento electoral ilícito del partido Unidad Nacional de la Esperanza, donde dicto falta de mérito a favor del diputado Orlando Blanco al no encontrar indicios en su contra.
Dentro de los procesos conocidos por el juzgador se encuentra el realizado en contra del ex alcalde de Chinautla, Arnoldo Medrano por el caso Vivienda Digna, en donde decidió enviarlo a juicio por el delito de pacto colusorio y le declaro el sobreseimiento por los delitos de asociación ilícita, incumplimiento de deberes, peculado por sustracción, fraude y estafa en al entrega de bienes.
Así también Moto conocía el proceso de denuncia interpuesto por la fundación contra el terrorismo en contra del fiscal Juan Francisco Sandoval, donde fue removido por la Sala Cuarta de Apelaciones al considerar que no era imparcial en sus resoluciones y decidió que el caso ahora sea conocido por el juzgado cuarto pluripersonal de primera instancia penal.
Recientemente, tenía en sus manos el caso Libramiento de Chimaltenango, pero tras una petición de la fiscalía contra la corrupción, el caso le fue quitado y por orden de la Cámara Penal fue trasladado al Juzgado de Mayor Riesgo C. Por este caso, también pesa una solicitud de antejuicio pues según la fiscalía el juzgador habría retardado de forma maliciosa diligencias de investigación.
Moto también fungió como presidente de la Asociación de Jueces y Magistrados del Organismo Judicial durante el periodo 2019 – 2020.
Actualmente, Moto fue juramentado por el Congreso de la República el pasado 26 de enero, para asumir como magistrado titular ante la Corte de Constitucionalidad, mientras que la fiscalía especial contra la impunidad indica que ha perdido su inmunidad al no tomar posesión, por lo que solicitó una orden de captura en su contra por posibles vínculos dentro del caso Comisiones Paralelas 2020.
